Coprologie des selles par PCR
Nous effectuons désormais la recherche de bactéries et virus dans les selles par technique PCR multiplex Allplex™ GI-Bacteria(I) Assay et Allplex™ GI-Virus Assay au sein des laboratoires BARRAND.
Cette technique permet l'amplification et la détection simultanée d'acides nucléiques cibles des bactéries, virus et protozoaires, responsables de gastro-entérites et autres troubles intestinaux.
Voici une liste des germes recherchés :
Avantages de cette technique :
- Résultats plus rapides
- Recherche de pathogènes difficilement détectables par la mise en culture ou la lecture microscopique.
- Meilleure sensibilité et spécificité
- La possibilité de mettre en évidence les pathogènes lorsque le (la) patient(e) est sous traitement antibiotique, contrairement à la culture (inhibition de culture)
FOCUS SUR QUELQUES NOUVEAUX PATHOGENES DETECTES
ASTROVIRUS / SAPOVIRUS
L'incidence des infections par Astrovirus / Sapovirus est fortement sous-estimée en raison d'une faible pathologie virale et d'une performance limitée de la méthode de diagnostic actuelle. Les améliorations des méthodes de diagnostic ont permis de prendre conscience du fait que les Astrovirus et Sapovirus sont une cause relativement importante de diarrhée, notamment chez l'enfant (5 à 9% des cas de gastro-entérite pour les Astrovirus). La durée des symptômes est d'environ de 2 à 3 jours avec diarrhée, parfois vomissements et avec une fièvre absente ou peu élevée. Ces virus ne provoquent généralement pas d’infection grave mais peut, dans de rares cas, entraîner une déshydratation. La transmission est orale-fécale ou avec aliments / eau contaminés.
CRYPTOSPORIDIUM spp
- Parasite cosmopolite à déclaration obligatoire dont la transmission peut être interhumaine ou par ingestion d’eau et d’aliments contaminés ou par baignade en eau contaminée. Survient par cas sporadiques ou par épidémies de grande ampleur (contamination des circuits de distribution d'eau).
- Fait désormais partie du panel parasite protozoaire : il n'était pas recherché jusqu'à présent, sauf prescription explicite
Tableur clinique chez le sujet immuno-compétent : asymptomatique ou diarrhée aiguë / subaiguë liquide, non sanglante avec vomissements, parfois fièvre
Chez le sujet immuno-déprimé : diarrhée chronique, parfois très abondante (perte de 10 litres/j...) avec déshydratation/dénutrition
DIENTAMOEBA FRAGILIS
Longtemps considéré comme physiologique et rarement détecté à l'examen microscope, ce parasite a une prévalence importante et est désormais pointé pour sa pathogénicité (Johnson et coll. 2004) lorsqu'il y a présence de symptômes tels que diarrhées (aiguës et chroniques), douleurs abdominales diffuses, nausées et/ou de vomissements, fièvre ou alternance d’épisodes de constipation / diarrhées ( Stark et coll. 2010). Plusieurs auteurs retiennent Dientamoeba comme agent étiologique possible du syndrome de l’intestin irritable; bien que dans une proportion moindre que Blastocystis hominis.